暗部
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暗部的纹身
全称“暗杀战术特殊部队”。如果以现实世界来说，任务性质类似美国的中央情报局（情搜、暗杀、保护重要人物）；组织编制则与中华民国的宪兵特勤队相似（由国家元首直辖）。暗部是从村内被挑选的优秀忍者所组成，所有的队员均精通身体构造，深明人体弱点。而为了区分出暗部和一般的忍者，以及隐藏他们的真正身份，成员们都要戴著白色瓷面具。此外，他们亦有一套标准的制服：黑色的短衣、灰色的保护服、謢臂，并且在手臂上刺有螺旋形记号的纹身。有的时候暗部队员亦会外披一件披风在身上（暗部的披风为黑色，原“根”成员的披风则多为白色）。与一般的忍者不同，每一名暗部都会配带忍者刀并系在背上，为了保护忍村在濒临死亡之际必须让自己死不留尸。每个忍者村的面具都不大一样，木叶暗部是动物面具、砂忍是鬼面具、雾忍是花纹面具（追忍）。
暗部的工作主要是负责保护影和忍者村的安全、在敌国执行高风险的任务如间谍或暗杀、出仕可能涉及与S级忍者对决的任务。由于暗部直属于影，所以工作亦由影直接委派，而且任务性质及其他一切资料均属保密，一切行动及功绩都不会公开。暗部组织也有自己基本的忍术，如定身术（金缚りの术，Kanashibari no Jutsu，可使敌人全身麻痹，然后再施以攻击）及时逆之术（Jigyaku no Jutsu，对某人施以催眠术，然后让他回忆起连本人也无法记起的经历）。
在火影故事中担任暗部的主要角色有：旗木卡卡西（前木叶暗部分队长），宇智波鼬（13岁成为木叶暗部分队长），森乃伊比喜（木叶暗部拷问部队队长）、黑锄雷牙（雾忍村暗部）、卯月夕颜和天藏。
追忍
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全称“追杀忍者部队”。负责追杀叛忍的忍者，通常只留下叛忍的头颅作为任务完成的证明，而其他部份则会用不同方式来处理，如以火葬或召唤乌鸦啄食残体。他们亦必须立刻处理掉尸体，以避免尸体落入其他忍村手中，使自己忍村内的资料外泄，如忍者的查克拉类型、忍术、所用药物类型、血继限界等。正因为他们常常要处理尸体，故他们对人体结构方面的知识是相当清晰及详细，所以追忍也被通称为尸体处理班。
第一部中，白就曾用自己过去在雾隐所戴的追忍面具，表面上伪装成奉命追杀叛忍桃地再不斩，但实际上却是为了救走再不斩的策略。第二部中，雾忍青在471话提及自己曾效力于此组织，因此对封印忍术特别有一套。
根
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又称“暗部培训部门”。由鹰派元老志村段藏在木叶暗部中建立的独立机动部队，其成员是直接隶属于段藏，而不是火影。虽然“根”已在第三代火影猿飞日斩的命令下解散，但仍有其成员待在暗部，甚至继续效忠段藏。在漫画中几次密会的“根”成员都是身著白色披风，推测是过去“根”的统一装扮。培因入侵木叶时，段藏曾命令“根”成员不去支援木叶，并认为达成自己野心的小小牺牲不足为道。
已知“根”成员有：祭、寺井、山中风、油女斗留音等。
所谓“根”之人
没有名字、没有情感
没有过去、没有未来
只有任务
在背后支撑起木叶村这棵大树的是深扎于大地之中的......我等“根”的意志
—根之训言
你是沐浴阳光的木叶，我是黑暗中的根
—志村段藏
木叶警务部队
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负责制订村中的律例，同时加强并维持木叶隐村的秩序、治安以及逮捕有犯罪事实的忍者，类似现实世界的警察单位。由第二代火影所创立，许多宇智波族人都隶属其中的第一分队。标志为飞镖中央有宇智波家族的家徽——扇子，亦代表了宇智波一族的光荣。鼬的父亲、身为族中的代表宇智波富岳就在总部工作。鼬未进入暗部前，跟弟弟佐助有同一个梦想，就是在木叶警务部队中工作。不过警务部队的职权也有限，例如涉及暗部的事情，他们无法插手。而且警务部队被视为第二代火影为阻止宇智波一族背叛的手段，表面上是彰显信赖所设立，然而其受到暗部的监视，导致后来宇智波一族意图谋反，但在行动前夕反遭自己的族人宇智波鼬灭族，而木叶警务部队也走入历史。
木叶村二十小队
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火之寺事件后，由纲手命令静音立刻调动及组成的大规模小队组织。事缘于“晓”成员飞段及角都入侵火之国，并在火之寺中进行大规模屠杀，把前“守护忍十二士”之一的地陆杀死，之后一名死里逃生的僧人前来汇报，方知此事的发生。故纲手决定派出多个小队追踪、逮捕，并下令有需要的情况下杀死“晓”的成员。已知的两个小队为：（第一队）上忍猿飞阿斯玛、中忍奈良鹿丸、神月出云、钢子铁；（第二队）特别上忍山城青叶、并足雷同、中忍秋道丁次、山中井野。最后猿飞阿斯玛亦于与飞段的对决中不幸战死。